Целями деятельности Комитета являются контроль и надзор в сфере образования.

Задачами деятельности Комитета являются:

- обеспечение соблюдения действующего законодательства в области образования образовательными учреждениями, расположенными на территории Томской области (за исключением образовательных учреждений, надзор и контроль за которыми отнесен к компетенции федеральных органов исполнительной власти), а также органами местного самоуправления, осуществляющими управление в сфере образования;
- обеспечение соблюдения лицензионных требований и условий образовательными учреждениями, расположенными на территории Томской области, по всем реализуемым ими образовательным программам;
- обеспечение соответствия качества образования федеральным государственным образовательным стандартам или федеральным государственным требованиям в образовательных учреждениях, расположенных на территории Томской области, по всем реализуемым ими образовательным программам;
- защита прав граждан на получение доступного и качественного образования.